前作『ゼノサーガ エピソードI [力への意志]』は、宇宙創生から終焉までを描く一大叙事詩“ゼノサーガ”のエピソードの中から、第1番目のエピソードを取り上げたものだ。
“ゼノサーガ”が壮大なスペースオペラのその最初の作品であり、
すべての起因となる出来事がここで起こった。「宇宙の創生と終焉」という科学的にも宗教的にも答えのないテーマは、『ゼノサーガ エピソードII [善悪の彼岸]』では、
どのように描かれるのであろうか。
 
   
 
 ヴェクター第一開発局所属シオン・ウヅキは惑星消滅事件の調査に赴く連邦艦隊の護衛用に配備された、対グノーシス用戦闘アンドロイド“KOS-MOS”の実戦テストの為、艦隊旗艦ヴォークリンデに搭乗していた。しかし任務途中に巡礼船団グノーシスの襲撃にあい、艦隊は壊滅。シオンは、艦内に侵入したグノーシスにより徐々に追い詰められてしまうが、調整中でありながらも自律起動したKOS-MOSによって助けられる。
 崩壊するヴォークリンデからなんとか脱出したシオンたちは民間の貨物船エルザに拾われる。KOS-MOSの脅迫めいた提案により、エルザのクルーであるマシューズ、トニー、ハマーの三人は、しぶしぶその進路を第二ミルチアヘと向けるのだった。
 ミルチアへと航路を進めるなか、エルザはU-TIC機関に追われるレアリエン“モモ”とその護衛任務を帯びたサイボーグ“ジギー”と出会う。百式汎観測レアリエンのプロトタイプであるモモは、製作者によって体内に重大な資料を封印されており、その資料をきっかけに、シオンたちは徐々に壮大なある一つの事件へと巻き込まれていくこととなる。
 そんな折、モモはアルベドとよばれる謎の青年にさらわれてしまう。首尾よくモモを助け出したものの、アルベドは天の車と呼ばれる巨大プラントを出現させ、その主砲を第二ミルチアの首都へと向けるのだった。天の車最深部にあるグノーシス化したコアを破壊することで、天の車の暴走をくい止めるシオン達だったが、アルベドの罠により天の車は第二ミルチアへと落下を始めてしまう。被害を最小限に食い止めるために、KOS-MOSは天の車の強制分解を提案。かくして天の車を第二ミルチアの大気圏で燃やし尽くすことに成功する。
 脱出の際、衝撃でエルザが故障してしまうも、シオンたちは危機を突破しエルザはその機体を第二ミルチアへと降下させていくのであった。
 


 『ゼノサーガ エピソードII [善悪の彼岸]』の出発点となる第二ミルチア。「第二」の文字が示す通り、以前は別の場所に単なる「ミルチア」の名前で存在した。
 前作『エピソードI』でも語られた14年前に起きたある事件(旧ミルチア レアリエン暴走事件(14年前)―俗に言う「ミルチア紛争」)が、『ゼノサーガ エピソードII [善悪の彼岸]』では明らかになる。







 原因は不明だが、殆どの機種のレアリエン(合成人間:知性、感情を持つ)が突如狂騒状態に陥り、市街の破壊活動を開始した。さる筋からの依頼を受けたケイオスとカナンは複座E.S. ASHER(イー・エス アシェル)」を駆り、その調査に向かう。そこには無残に破壊された街並みが拡がっていた。
 その光景を唖然と見渡す2人に、連邦のA.M.W.S.(エイムス)による攻撃が加えられる。味方識別コードの送信も虚しく、更に激しい砲火が ASHERを襲う。―― 危機一髪の状況を救ったのは緑色に塗り分けられた一機の連邦A.M.W.S.だった。鬼神の如き攻撃力…A.M.W.S.用のカタナ1本で他のA.M.W.S.を一刀両断する様は、相当な手練れパイロットの搭乗を想像させた。
 大方を片付け地上に降りた2人の前に、緑色のA.M.W.S.のパイロットが姿を現す。それはある使命を帯びてミルチアの地に降り立った、若き日のジン ウヅキその人だった。それぞれに目的が違うとは言え、ミルチアの案内に明るいジンはケイオス、カナンに請われ同道を承諾する。3人が向かう旧ミルチアの心臓部には、おりしも雨が降り始める…。
 ミルチアメインフレームの前に立ち止まり、ふとその建物を見上げる3人の前に立ちはだかる影。まだ顔に傷痕の無いマーグリス。そこで交わされる、どうやらジンとの間に深い因縁があるような会話。その様式的なやりとりに続いて、これもまた美しく、舞う様な殺陣が始まる――
 結局ミルチア紛争によって旧ミルチアは壊滅、現在の場所にその機能が移され、「第二ミルチア」と呼ばれている。第二ミルチアにはヴェクター二局(シオンの属する企業、KOS-MOSを開発した会社)が在り、シオン一行はまずそこを目指すことになる。
 
 
宇宙の創造から終焉までを描く『ゼノサーガ』
Jr.を取り巻く『エピソード2』のキーキャラクタ
ダンジョンや敵との戦闘はクエストパートで進行
正当進化によりテンポアップした戦闘システム