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　ゲームをスタートすると、物語のあらすじが語られた後、選んだ主人公に応じた物語のムービーが再生される。ムービーは次に遂行する任務の内容になっている。プレイヤーはそれを踏まえて、目的地へと赴くのだ。

　ムービー自体で任務の内容が語られた後、目的と任務の具体的なヒントが示される。それを念頭に置き、心して任務に取りかかろう。目的を把握せずに侵入することは、死を意味する。潜入を開始したら、敵の会話からヒントを得ることもあるぞ。

　与えられた任務に従い、目的地に到着した主人公。ステージはそこから始まる。できる限り隠密に行動し、速やかに、密かに目的を達成しなければならない。画面に表示されている「気配メーター」に注意して、敵の見張りを突破しよう。イザという時は、忍具を駆使して難所を突破するのだ。

　物陰、高所などを利用して、とにかく敵に見つからないことが肝心。見張りは歩き回ったり、よそ見をしたりする場合もあるので、様子を見つつ、隙を窺うことも重要。敵に見つかったら戦うよりも、逃げる(隠れる)事を優先的に行動しよう。また、敵が複数いたり、隙がないときには忍具を使って仕留めたり、気絶させて先に進むことができる。忍具は持てる数が限られているので、無闇に使わないこと。

　隠密に潜入することも肝心だが、もう一つ忘れてはならないことがある。それは「忍殺」だ。シリーズ作品ではお馴染の「敵に気づかれず、音もなく殺める」というテクニック＝忍殺なのだが、これを成功させ続けることで、主人公は「奥義」を身に付けることができるのだ。これも忘れずに習得してから、先へと進んで行こう。

敵に気づかれずに一定距離まで近寄ったら攻撃をする、これで特別な演出とともに「忍殺」が成功する。また、忍殺を成功させると「九字ゲージ」に文字が追加されていく。この九字をすべてを集めると、新たなアクション「奥義」を覚えることができるのだ。というこの「奥義」。手に入れれば、任務遂行の助けになることは確実だ。奥義は各ステージでひとつずつ覚えることができる。

新登場の対戦プレイと協力プレイ。これは、2人のプレイヤーが分割された画面の中で同時にプレイする、本編とは別のゲームだ。対戦は、敵兵もいるステージの中で、互いに切りつけたり、忍具を使って相手の体力を奪いつくせば勝ちだ。協力は、ひとつの任務を協力しあいながらクリアして行くモード。どちらかが死亡するか、敗北条件に達してしまうとゲームオーバーとなる。どちらも今までにない新鮮さがあり、白熱すること請け合いだ！