『トリノホシ』の物語は、キャラクタの独白、あるいは会話によって描かれる。各島で発生するイベントの一部を紹介しよう。

　狭い峡谷に入ったヒューゴーは、情報端末のAIであるカールから付近に伝説の竜が住んでいることを知る。注意して飛行したヒューゴーだったが、竜に襲われてしまう。

　飛行中に事故に合い、ヒューゴーは3日間昏睡してしまう。気付くと、そこは見知らぬ島だった。その島は次の島まで数千キロもあるような孤島。この絶望的な状況のなか、彼は航空機のような鳥を見つける。

　調査基地へ、そして地球には果てしないほど遠い島で、夜を迎えたヒューゴー。険しい旅に挑まなければならない彼は、星空の下で無事の帰還を祈るのだった。

　グライダーの制御チップが誤動作し、修理することもできなくなったヒューゴー。しかし彼は、行方不明になった父・ラマンスキー博士が残した記録から、付近に無人の調査基地があることを知る。

　ラマンスキーを探すヒューゴーは、墜落した小型宇宙艇の破片を見つけた。その場所に、同じくラマンスキーを救助しに調査基地からやってきた少女・エミリーが現れる。彼女はヒューゴーになぜか厳しい態度を取り、グライダーのテクニックで勝負を挑んできた。

　各島ごとに「クエスト」が発生する。「クエスト」には「必須クエスト」と「エクストラクエスト」の2種類があり、前者はストーリーを進めるために達成しなければならない。
　グライダーを使った飛行やキャンプ地での行動を通じて条件を達成すると「クエスト」のクリアとなる。なお「クエスト」には、以下のようなものが用意されている。

　東へと進むヒューゴーの行く手には、大きな森が広がっていた。この森は、上空を飛行する者を攻撃する黒い鳥たちの縄張りだった。彼らの攻撃を避けるため、ヒューゴーは一旦引き返して策を練ることにした。

　小島が連なる海域で、ヒューゴーは父が残した航空写真がこの場所で撮られたものだと知る。
　そして本当に写真と同じ場所かどうかを見比べるため、彼は写真が撮られた高度まで上昇することを決めた。

　小さな火山島で、ヒューゴーは黒い焼け跡を発見する。
　焼け跡には宇宙船「ペリカン号」の部品が散乱していた。
　ヒューゴーは父親の生死を確認するため、島中に散らばった残骸を探し始める。

　調査基地の手前に広がる凍土地帯。その上空の飛行中、ヒューゴーはブリザードに見舞われてしまう。
　いつまでも続く吹雪のなか、彼は暴風にもかかわらず飛ぶ鳥を発見。そして彼らを追って離陸を開始した。