『II』でも、前作と同じように冒険の拠点となる町で冒険の準備を整え、ダンジョンに向かう。そしてふたたび町に戻って次の冒険へ備えるということを繰り返して、ダンジョンを攻略していくのだ。それぞれのパートで何ができるか、ゲームの流れを追って説明しよう。

【 冒険者ギルドでパーティの編成 】
ゲーム開始当初は、パーティに誰もいない。そこで町にある冒険者ギルドでキャラクターの名前、職業、グラフィックを設定して、冒険者を作る。1回の冒険でパーティに加えることができるのは、最大で5名までとなる

【 町にある施設で冒険の準備を整える 】
町には冒険者ギルドのほかに、装備品やアイテムを購入できるショップや、体力を回復する宿などの施設がある。そのほか、一定条件をクリアすると報酬を得られるクエストやミッションを受けることも可能だ

【 最上階を目指し、世界樹の迷宮を探索 】
準備が整えば、いよいよ数多くの仕掛けが設置され、モンスターがはびこるダンジョンに挑む。ダンジョン内をニンテンドーDSの下画面を使ってマッピングするシステムは『II』でも健在で、使用できるアイコンが増えている。区切りのいいところまで冒険をしたら町に戻り、これを繰り返して少しずつ探索範囲を広げていくのだ。 　なお、モンスターとはランダムでエンカウントし、コマンド選択式のターン制バトルが始まる。『II』では、バトル中にキャラクターの前衛、後衛を変更できるようになった。後衛にいると敵からのダメージを受けにくいので、パーティの状況に合わせて隊列を変更しよう

ガンナー
さまざまな銃により、遠距離からの属性攻撃を行なう銃士。覚えられるスキルは、攻撃速度が遅く、行動するまで防御力が低くなるものの強力なチャージショットや、フィールド上に表示される特殊なモンスター「F.O.E」を一定時間止める威嚇射撃など。戦闘中に蓄積するゲージを消費して放つ「フォーススキル」として、大ダメージを与え、さらにターン内の行動を止めるスタン効果を持った、「至高の魔弾」を使える

ソードマン
剣や斧を使って、前衛での戦いを得意とする。覚えられるスキルは敵の通常攻撃に反撃するカウンターや、HPが少ないほど威力が上昇する「レイスラッシュ」など。威力がとても高い、フルゲインというフォーススキルを使える

メディック
医術でパーティの回復と治療を行なう衛生士。味方全体のHPを回復するエリアヒール、自らの命を犠牲に、味方全員の復活と回復をする捨て身の医療などのスキルを覚える。フォーススキルは、全員のHPとバッドステータスを回復する超医術だ