| 舞台となる世界では、遺伝子を操作して人為的に肉体を強化した「コーディネイター」と呼ばれる人々が、宇宙空間に建造された「プラント」と呼ばれる宇宙コロニーで生活していた。しかし、地球に残った人々「ナチュラル」と宇宙へ旅立った「コーディネイター」の間の対立は、次第に強くなっていった。遺伝子操作の末誕生した人々を忌み嫌う過激な集団「ブルーコスモス」の活動によって、地球軍は「コーディネイター」の農業プラント「ユニウスセブン」への核攻撃を行う。この「血のバレンタイン」の悲劇をきっかけに、地球とプラントの間で戦争が勃発してしまう。
 物語は、プラント連合の軍隊Z.A.F.T.（ザフト）が、中立国であるオーブ連合首長国のスペースコロニー「ヘリオポリス」を急襲したところから始まる。オーブ連合首長国は中立を謳いながらも、地球連合のための新型兵器の建造をヘリオポリスで行っていた。その新型兵器こそ、後に主人公キラが「ガンダム」と呼んだ、新型モビルスーツだった。
ヘリオポリスを襲ったザフトのクルーゼ隊は、5機建造していたモビルスーツのうち4機を強奪。しかし残る1機には、偶然居合わせた工業カレッジの学生キラが乗り込むこととなる。キラは、その天才的な操縦能力でクルーゼ隊を撃退。そのまま地球連合の一員として新型戦艦「アークエンジェル」に乗り込み、ザフト軍と戦うことを余儀なくされる。しかしクルーゼ隊の一員としてモビルスーツ強奪に向かったザフトの兵士は、月の幼年学校時代のキラの親友、アスラン・ザラだった。
二人の少年の運命を軸に、まわり続ける運命の歯車。『機動戦士ガンダムSEED 連合 VS. Z.A.F.T.』で、この運命を体感せよ！
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2001年にアーケードに登場した『機動戦士ガンダム 連邦 VS. ジオン』は、登場直後から爆発的な人気をほこり、瞬く間に全国のアーケードスペースに普及した。地球連邦あるいはジオン公国軍に分かれて、最大で4人までが同時にモビルスーツを操り戦うアクションゲームで、「機動戦士ガンダム」のモビルスーツが多数登場するだけでなく、その機体にふさわしい装備を選びリアルな“モビルスーツ戦”を体験できるタイトルだ。続編の『機動戦士ガンダム 連邦 VS. ジオン DX』、『機動戦士Zガンダム エゥーゴ VS. ティターンズ』などを経て、この夏、ついに最新作が登場する。待望の最新作は『機動戦士ガンダムSEED 連合 VS. Z.A.F.T.』だ！
