「ローゼンメイデン」の物語は天才人形師「ローゼン」によって、7つに割られた「ローザミスティカ」と呼ばれるものを使った人形が作り出されたことから始まる。その7体は後に「ローゼンメイデン（薔薇乙女）シリーズ」と呼ばれ、生きている人形として噂されるようになっていた。
　 やがて長い年月が経ち、ローゼンメイデンシリーズ第5ドール「真紅（しんく）」のゼンマイを桜田ジュンという少年が巻いたことから再び歴史が動き出す。
　 真紅はジュンに対し、自身のローザミスティカを護らなければならないことを伝える。さらに、魔法のような特殊能力を発動するために必要な「ミーディアム（媒介者）」となる契約を半ば強制的に結ばせてしまう。そしてジュンは、7体のドールによるローザミスティカの争奪戦「アリスゲーム」へと巻き込まれて行く。