『ペルソナ3』の世界は、1日と1日の間に「影時間」と呼ばれる“普通ではない時間”が存在する。それは毎日午前0時になると訪れ、しばらく続いた後に明ける。
　 この影時間が始まると、普通の人間は棺に似たオブジェに変わり、その間の事を何も感じられなくなるのだ。影時間を自由に動けるのは、影時間の住人である「シャドウ」と呼ばれる怪物たちのみ。そして不幸にも影時間に「落ちた」人間は、シャドウに精神を食われ廃人となってしまう。

　主人公とその仲間たちは、その影時間でも行動しうる「適正」を見出される。さらに仲間それぞれの内に、シャドウを滅ぼすための唯一の力「ペルソナ能力」を覚醒させる。

　主人公たちは、昼は普通の学生生活として友人や先輩後輩と共に「私立 月光館学園」で生活し、夜は共に戦う同士として、シャドウ討伐を行っていく。

　主人公の生活すべての時間帯を描いていく『ペルソナ3』。朝・午前・昼・午後・放課後・夜、そして影時間という1日をいくつかの時間帯に分け、その中でどのように行動していくかは、プレイヤー次第となる。
　
　 朝から昼の間は、学生生活が描かれる。友人との登校や学園での授業、休み時間を構内で過ごすなど、普通の学生としての生活が体験することができる。もちろん多彩な場所やイベントも用意されている。

　主人公は寮生活を行っており、ここで生活を共にする仲間も、シャドウと戦う仲間である。ここでシャドウに関する情報の交換や、ペルソナの情報などのやり取りが行われるだろう。
　 ちなみに主人公は4月から転入してきた2年生。学生寮で暮らしを始めてすぐに、「シャドウ」の襲撃に合い、それがキッカケで「ペルソナ」が覚醒する。
　 自由にペルソナをチェンジしながら戦える特別な能力ゆえに、まもなく一目置かれる存在となり、「特別課外活動部」のリーダー的な役割を果たしてゆくことになる。ちなみに一番初めにつけるペルソナは「オルフェウス」。

　シャドウに対抗しうる唯一の力である「ペルソナ」。「ペルソナ」は扱う者の心の力を現している。この「ペルソナ」はゲーム中ありとあらゆる場所に存在する「コミュニティ」の人間と絆を深めることで、自らの「心」が鍛え上げられ、それに応じて「ペルソナ」が強くなっていく。

　具体的には、様々な所に存在する「コミュキャラクター」と会話することで、仲良くなり、これによって「コミュニティ」のレベルが上がっていく。
　 「コニュニティ」レベルが上がれば、合体の際にペルソナを強化することができるのだ。