主人公たちに向かって次々と巻き起こる様々なトラブル。ハチャメチャな日常や学園生活が展開する『熱帯低気圧少女』。以下は本作のメインストーリーのあらすじとなっている。
主人公は、気象予報士を志望する、体力自慢以外はごく普通の少年。
個性豊かな友人たちに囲まれて、おバカながらも楽しく充実した学園生活を送っていた。
一学期の終わり間際のある日、主人公のクラスに一人の少女・ともえが転校してくる。
そして、彼女がやってきて以降、なぜかその周辺で様々なトラブルが多発するようになる。
はじめは偶然だと思っていたが、だんだんと転校生との関連性を疑いだす主人公。
調査を進めるうちに疑惑は確信に変わってゆく。
やがて、観測史上最大の颱風が南洋で発生。
一直線にともえ――主人公たちの住む街めがけて猛スピードで迫ってくる。
未曾有の大災害予想に激震する日本列島。
ともえを危険人物として排除に動きだす日本政府。
むしろその力を利用できないかと考える一団――。
さまざまな勢力の思惑が入り乱れる中、主人公たちは、知恵と勇気と愛と友情で、この大ピンチを切り抜けることができるのか――？
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