講談社 週刊少年マガジンで連載中の人気マンガ「魔法先生ネギま！」をゲームとして体験できるアドベンチャーゲームの人気シリーズに新作が登場する。
　 今作は学園内にある世界樹に異変が起きている中で行なわれる学園祭が舞台。学園祭の開催日が迫ってきているのに関わらず、ネギが受け持つクラス「3-A」は、出し物が決まっていない。そこでクラスメート投票で同数となった「お化け屋敷」や「大正カフェ」など5つの案からネギが出し物を選び、その出し物のためにクラス一丸となって準備をするという流れだ。
　 ちなみに今作のエンディングは、31名のクラス全員分用意されている。選択した出し物によって物語の中心となるキャラクタが変わるので、様々なシチュエーションで、何度でも繰り返し遊ぶことができるぞ！

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■登場キャラクタ■
相坂　さよ	明石　裕奈	朝倉　和美	綾瀬　夕映
和泉　亜子	大河内　アキラ	柿崎　美砂	神楽坂　明日菜
春日　美空	絡繰　茶々丸	釘宮　円	古　菲
近衛　木乃香	早乙女　ハルナ	桜咲　刹那	佐々木　まき絵
椎名　桜子	龍宮　真名	超　鈴音	長瀬　楓
那波　千鶴	鳴滝　風香	鳴滝　史伽	葉加瀬　聡美
長谷川　千雨	エヴァンジェリン・ A・K・マクダウェル	宮崎　のどか	村上　夏美
雪広　あやか	四葉　五月	ザジ・レニーデイ

どれを選ぶ？3-Aの5つの学園祭出し物案

　学園祭の出し物候補は、以下にある5つの中から選択する。プレイヤーであるネギが選択したものが、出し物と決定し、ストーリーが展開することになる。
　 ちなみに出し物の投票の時点では、5つのほかに「水着相撲」なるムフフなものも候補にあがっていたが、ボツ。風香ただ一人が投票したが、史伽を手伝って、「占いの館」で活躍することになる。また明日菜、刹那、木乃香の3名は、どのルートを選択しても行動を共にすることになる。

ホラーハウスに消えた生徒を救出「お化け屋敷」

　ネギたちが見回りをしていると教室から悲鳴が！　魔物たちに襲われている生徒たちを助け、事情を聞いてみると準備中のホラーハウスに異変が起きたらしい。その原因の調査のため、ホラーハウスの奥に行った生徒たちを助けに向かおう。
【中心キャラ】
さよ、美空、裕奈、桜子、古菲、楓

　準備が進む教室の中で、ネギは6つの見慣れない水晶を見つける。そこに魔力を感じる地震が発生し、いいんちょを始めとする6人が水晶の中に捕らわれてしまった。鹿鳴館風の巨大な建物で、飛び散った6つの水晶を探し出せ！
【中心キャラ】
和美、千雨、ハルナ、美砂、あやか、円

　演劇の題目『ロミオとジュリエット』の練習中に、夏美の脚本が「書いたものが実体化する」という不思議な能力をもつことが判明した。さらに学園長からこの能力をどんどん使って欲しいと頼まれ、お芝居はおかしな方向へ……。
【中心キャラ】
千鶴、まき絵、亜子、アキラ、ザジ、夏美

　占いの館では色々な占いを楽しむために、のどかや夕映らがそれぞれにブースを構えることになった。ネギが試しに木乃香に異変が起きている世界樹について占ってもらうと、水晶玉に緑の髪の少女が写っていた。彼女の正体とは……？
【中心キャラ】
明日菜、刹那、木乃香、夕映、のどか、史伽、風香

　中華飯店を準備している教室の壁を破って根っこの魔物が出現。ネギ達の活躍で魔物は追い払うが、壁に開いた穴から料理の食材が生き物のように飛び出していった。なぜか穴の中に広がる中華街から、ほかの生徒とともに食材を探し出す。
【中心キャラ】
茶々丸、鈴音、真名、聡美、エヴァ、五月