今回のストーリーの舞台は、麻帆良祭を準備する生徒たちで賑わい、大盛り上がりの麻帆良学園。
ところが学園内が突如不気味な魔力に包まれ始める…。異変に気づいたネギは、学園長に依頼され、学園内を調べることになる。
次々と姿を消していく生徒たち。実は準備中のアトラクションが、謎の魔力でダンジョンと化し、生徒たちは、その奥に閉じ込められてしまったのであった。さらにモンスターも現れ、生徒たちは絶体絶命のピンチにさらされる。
ネギは学園内を探索、モンスター退治など数々の謎を解き明かし、無事に学園を守ることができるのであろうか。

　
ゲームは、混迷を極める学園内を移動し、情報を獲得していく「探索」、迷宮と化した学園内の施設に入り、捕まっている生徒を助け出す「ダンジョン」、女の子と仲良くなるために効果的な「デート」のパートに3つに分かれている。それぞれを進めることによって、物語が進行し、エンディングへと導かれていく。

　GBA『魔法先生ネギま！ プライベートレッスン2』は、前作では17人だった登場人物が大幅に増加。3-Aに所属する31人のクラスメイト全員が登場することが決定。さらにコタロー、タカミチなど生徒以外のサブキャラも多数登場するぞ。
またおまけ要素が大充実！集めたカードを整理し、コレクションを楽しむことができる「カードホルダーシステム」などが用意されるぞ。
さらにファン注目のお色気画像は、前作の2倍以上に増加されているだけでなく、生徒たちのコスプレ画像も見ることができるのだ。

　ゲーム内容が大充実なだけでなく、初回同梱特典も注目だ。先着予約特典として、ネギ、アスナ、このか、刹那、のどか、夕映による深夜ラジオ番組「麻帆良ジャナイトHG」を収録した12cmCD「麻帆良学園の夜 HG」。暴走ギリギリの超カゲキな内容となっているぞ。
さらに初回出荷特典は、ムフフな絵柄に変化する「魔法先生ネギま！チェンジングカード」。いったいどんな絵柄なのかは、購入してからのお楽しみだが、ファン垂涎のアイテムとなっているぞ。