第1部「旅の仲間 ～The Fellowship of the Ring～」
　 ホビット族の青年フロド・バギンズがある日、養父ビルボから受け継いだ不思議な指輪。それはかつて闇の冥王サウロンが作り出し、力の源としていた「ひとつの指輪」だった。万が一、指輪が復活しつつあるサウロンの手に渡れば、世界はふたたびサウロンの手に落ちてしまう――。人々が下した結論は、かつて指輪が作られたとされる「滅びの山」の火口に指輪を投げ込み、指輪を完全に葬り去るというものだった。かくしてホビット族の青年フロド、サム、メリー、ピピン、偉大な魔法使いガンダルフ、放浪の剣士アラゴルン、ゴンドールの騎士ボロミア、エルフ族のレゴラス、ドワーフ族のギムリたち9人による「旅の仲間」が結成され、指輪を葬るための過酷な旅が幕を開けるのだった。

第2部「二つの塔 ～The Two Towers～」
　 過酷な旅を続けるなか、旅の仲間は一人また一人と傷ついていく。途中、ボロミアが命を落とし、フロドとサムもまた執拗な敵の追っ手を振り切るため仲間と離ればなれになってしまう。以降は指輪を葬るために旅を続けるフロドとサム、人間族をまとめてサウロンの軍に立ち向かうアラゴルンたち、という二つの視点から物語は進行していくことになる。
　 フロドたちが滅びの山を目指す一方、人間族の国・ローハンを訪れたアラゴルンたちは、そこでサウロンの手下・魔法使いサルマンが率いるオークの大軍勢と激突することになる。圧倒的な戦力差の前に、ついに門は破られ、城内にまで敵の手が迫る……！

第3部「王の帰還 ～The Return of the King～」
　 サルマンの軍勢を辛くも打ち破ったアラゴルンたちだったが、休む間もなくゴンドールに次なる敵が迫っていることを知る。一旦はゴンドールへの加勢を断るローハン王だったが、ガンダルフの機転により、ついにゴンドールと共に戦うことを決断する。かくしてゴンドール・ローハン軍とサウロン軍による、史上最大の決戦が幕を開けることになる。
　 一方、滅びの山まであとわずかに迫ったフロドたちだったが、道中仲間に加えた指輪の前の持ち主・ゴクリの裏切りにより、絶体絶命の窮地に陥ってしまう。さらには指輪の邪悪に蝕まれ、滅びの山に近づくにつれフロドの衰弱も激しくなっていく。果たして、フロドは無事に旅の目的を果たすことができるのか。そして圧倒的な大軍勢に立ち向かうアラゴルンたちの運命は……。