遙か昔…
突如として異世界より現れた敵「虚無」と、
それを退けるべく結集された軍団「シャイニングフォース」の戦いがあった。
それから3,000年以上の時が過ぎ、「虚無」との戦いは人々の記憶から忘れ去られ、
「シャイニングフォース」の痕跡は『古代遺跡』として各地に残っているに過ぎなかった。
そんな遺跡を盗掘することを生業としているトレジャーハンターの少年ジンは、
とある遺跡の奥で眠っていた少女アルフィンと出会った。
自分が「コアユニット」だと名乗ったアルフィンは、
かつて「シャイニングフォース」が用いていた飛空艇を起動させる。