ヴォークリンデ脱出後、シオンらとは別行動を取っていたKOS-MOSは、エルザを指揮下に置こうとする

幾多の悲しい別れの後、巡洋艦ヴォークリンデを脱出した、主人公シオン・ウヅキとその部下アレン・リッジリー、アンドリュー・チェレンコフ中佐の３人は、航宙貨客船エルザ（※1）に救助された。

そこには、なぜか先に乗り込んでいたKOS-MOSのほかに、サイボーグのジギー、レアリエンのモモ、船長のマシューズ、操舵手のトニー、ナビゲーターのハマー、そして謎めいた少年ケイオスらがいた。

　KOS-MOSの次の配備先は、シオンの故郷でもある第二ミルチア、そしてジギーとモモの行き先も第二ミルチアであることにシオンは不思議なものを感じつつも、皆に得意のカレーを振る舞い、一行は和やかな一時を過ごす。

しかし、チェレンコフ中佐の姿はそこにはなく、彼は調整中のKOS-MOSを見つめていた。

「こいつは―――あの時の【元型】アーキタイプなのか」と。

　中佐が去った後、ケイオスもまたKOS-MOSに語りかける。

「――やっと、会えたね。―――本当の君は、どこで眠っているんだい？」。

　道中、巨大グノーシスに飲み込まれ、脱出後もグノーシスの大群による襲撃に遭遇するが、KOS-MOSによるグノーシスの吸収、そして重武装艦デュランダル（※2）の協力もあり、一行はデュランダルの本拠地でもある自由軌道型コロニー「クーカイ・ファウンデーション（※3）」へとたどり着いた。

　壮大な物語が展開する本作において、重要なポジションを担う、キーキャラクタ。

人間と合成人間＜レアリエン＞の世界。人間のエゴにより、形成された“模擬人格OS”、そして外見。これら登場キャラクタの設定を読むだけでも、『ゼノサーガ』の世界のひとつひとつが、緻密に計算されてた舞台の上で演じられる壮大なスペースオペラであることが分かるはず。

【モモ】 M.O.M.O. （Multiple Observative Mimetic organicus）女　141cm　36kg　外見は12歳くらい “ある特殊な知覚”でしか捉えられないグノーシスを観測する為に開発された、百式汎観測レアリエン（合成人間）のプロトタイプ。U-TIC機関創設者であった故ヨアキム・ミズラヒ博士の手により作られた。外見はヨアキムとその妻ユリ・ミズラヒ博士の亡娘、サクラ・ミズラヒがモデルとなっている。善行を積んで、父ヨアキムのいる天国へ行く事を夢見ている少女。 【ジギー】 Ziggy（Ziggruat８）　男　191cm　162Kg　献体後95年経過（外見30歳） モモの保護護衛の任を受けた戦闘用サイボーグ。T.C.4665年、３０歳で殉職後、強化素体用に献体され、戦闘用サイボーグとして復活し、接触小委員会に配備された。生前の最終階級は連邦警察第1875特殊作戦司令部分遣隊隊長。

【ケイオス】 chaos　男　169cm　53kg　外見は16歳くらい ゼノサーガシリーズを通して鍵となる少年。常に憂いを湛えた表情をし、どこか達観した感のある汪洋とした喋り口調の線の細い少年。見た目は16歳位にみえるのだが、実際の年齢は不明。透き通った緑琥珀色の瞳と銀髪が特徴。自分の名前以外は、一切の過去について語ろうとしないのでその出自経歴や、いわゆる記憶の有無といったものも含め、凡てが謎に包まれている。『混沌』の名を持つ。

【Jr.】 男　140cm　 38kg　外見は12歳くらい 星団連邦ミルチア自治州にある特殊財団、クーカイ・ファウンデーションの代表理事の一人。外見は12歳くらいに見えるが、実年齢は定かではない。見た目の幼さとは裏腹に、かなりの博識で、時折、年相応のビシリと事の本質を突いた発言をする。古書、古式銃（この時代にとっての）を収集する趣味を持っている。